សាកលវិទ្យាល័យអង្គរមានដំណើរការស្របតាមគោលការណ៍គ្រប់គ្រង និងអភិបាលកិច្ច ហើយមានថ្នាក់ដឹកនាំប្រតិបត្តិដូចទៅ/Angkor University operates in accordance with the Governance and Administration Policy, and has the following Management៖ 

1. សាកលវិទ្យាធិការ Rector
2. ទីប្រឹក្សាសាកលវិទ្យាធិការ/Advisory Board 
3. ក្រុមប្រឹក្សាអប់រំនិងបណ្តុះបណ្តាល/ Academic and Educational Training Advisory Board 
4. សាកលវិទ្យាធិការរងទទួលបន្ទុកកិច្ចការសិក្សា និងសេវានិស្សិត/ Vice Rector in charge of Academic and Student Service 
   • មហាវិទ្យាល័យសុខភាពសាធារណៈ/Faculty of Public Health 
   • មហាវិទ្យាល័យវិស្វកម្មនិងស្ថាបត្យកម្ម/ Faculty of Engineering and Architecture 
   • មហាវិទ្យាល័យគ្រប់គ្រងពាណិជ្ជកម្មនិងទេសចរណ៍/ Faculty of Business Management and Tourism  
   • មហាវិទ្យាល័យវិទ្យាសាស្ត្រនិងបច្ចេកវិទ្យា/ Faculty of Science and Technology 
   • មហាវិទ្យាល័យមនុស្សសាស្ត្រនិងភាសា/ Faculty of Humanity and Languages 
   • មហាវិទ្យាល័យសង្គមសាស្ត្រនិងនីតិសាស្ត្រ/ Faculty of Sociology and Law
   • មហាវិទ្យាល័យកសិកម្ម/ Faculty of Agriculture 
   • ​​ការិយាល័យសិក្សានិងកិច្ចការប្រឡង/ Academic and Examination Office 
   • ​​ការិយាល័យថ្នាក់ក្រោយឧត្តម/ Post Graduate Office 
   • មជ្ឍមណ្ឌលភាសាបរទេស/ language Center 
   • មជ្ឍមណ្ឌលស្មាតធិច/ SMAR-TECH Center
5. សាកលវិទ្យាធិការរងទទួលបន្ទុកហិរញ្ញវត្ថុ និងរដ្ឋបាល/Vice Rector in charge of Finance and Administration 
   • ​​ការិយាល័យគណនេយ្យនិងហិរញ្ញវត្ថុ​ Finance and Accounting Office 
   • ការិយាល័យសវនកម្ម/ Audit Office 
   • ការិយាល័យរដ្ឋបាលនិងធនធានមនុស្ស/ Human and Administration Office 
   • អន្តេវាសិកដ្ឋាន/ Domatory 
   • អាហារដ្ឋាន/ AU Cafe 
6. សាកលវិទ្យាធិការរងទទួលបន្ទុកទំនាក់ទំនងសាធារណៈនិងកិច្ចសហប្រតិបត្តិការអន្តរជាតិ/Vice Rector in charge of Relation and International Cooperation
   • ​​ការិយាល័យកិច្ចសហប្រតិបត្តិការនិងបច្ចេកវិទ្យា/ Cooperation and Technology Office 
   • បណ្ណាល័យ/ Library 
7. ការិយាល័យធានាគុណភាពអប់រំផ្ទៃក្នុង/Internal Quality Assurance Office 
8. មជ្ឈមណ្ឌលស្រាវជ្រាវដើម្បីឧត្តមភាពនិងនវានុវត្តន៍/ Research Center for Excelence and Innovation of Angkor University